Durante los primeros años del proyecto se realizará un seguimiento mediante telemetría, con la intención de determinar cuál es la ruta principal seguida por las aves liberadas en las Islas Chafarinas. Con los resultados de este estudio se podrán determinar, en muchas ocasiones, la causa de la muerte de los ejemplares migradores y los no migradores. De esta forma se podrán plantear y establecer medidas legales y de protección del hábitat para fortalecer la seguridad de esta especie, durante la cría y la migración.
Una característica común a los proyectos de reintroducción, sobre todo si incumben a especies muy longevas y con un dilatado periodo de inmadurez (como es el caso del águila pescadora) es que deben abordarse a largo plazo y requieren, por tanto, compromisos financieros y políticos de gran alcance temporal. Es necesario un compromiso político y financiero para periodos de tiempo que superan con mucho la duranción de las legislaturas.
Este será otro punto fundamental en el seguimiento de la población: el compromiso legal y financiero de la operación.